Benatia a commencé sa carrière de football à l'âge de 16 ans en 2003, lorsqu'il a rejoint le club français de Ligue 2, Clermont Foot. Il a ensuite joué pour des clubs tels que Tours FC, Lorient et Udinese avant de rejoindre l'AS Roma en 2013. En 2014, il a été transféré au Bayern Munich, où il a remporté la Bundesliga et la Coupe d'Allemagne. En 2018, il a rejoint le Juventus FC, où il a remporté la Serie A et la Supercoupe italienne.